貝瑞和康大數據項目初戰告捷 建成全球最大婦科腫瘤基因組數據庫

來源:健康界

基因組大數據的重大意義開始凸顯,貝瑞和康與阿里云合作開展的“神州基因組數據云”項目取得的階段性成果,便已經收效顯著。

9月23日,在第十九屆全國臨床腫瘤學大會暨CSCO學術年會上,北京貝瑞和康生物技術股份有限公司(以下簡稱“貝瑞和康”)公布了在生物信息分析領域和大數據建設方面做出的重要成果。

貝瑞和康是一家專注于將高通量測序技術轉化為臨床項目的高新技術企業,在為臨床提供全方位基因測序服務的同時,不斷以前瞻性的視角進行產品研發,Verita Trekker?變異位點檢測系統和Enliven?變異位點注釋系統正是貝瑞和康多年來在生物信息分析領域的成果結晶。貝瑞和康將不斷使這些核心技術轉化為臨床實用工具,助力中國分子醫學和精準醫療的全面發展。

 

初戰告捷婦科腫瘤領域

在CSCO學術年會上,貝瑞和康公布的重要成果包括與北京大學腫瘤醫院解云濤教授合作的“中國人遺傳性乳腺癌基因突變圖譜項目”,以及中國40萬人基因組大數據項目在臨床應用層面上所取得的階段性成果,結果顯示中國人乳腺癌基因突變和其他人種相比具有顯著性差異。

事實上,應用高通量測序技術進行腫瘤基因檢測已經成為腫瘤診療領域的重要發展方向,越來越多的臨床醫生和患者選擇在基因層面上解讀疾病本質并選擇個體化的診療方案。這意味著,越來越多的檢測樣本需要依賴高效可靠的數據庫和數據分析系統以獲得精準的報告解讀,同時又有越來越多的數據累積起來挑戰現有的基因組數據計算和分析能力。對此,貝瑞和康開發出在基因數據分析領域的兩大核心技術——Verita Trekker?變異位點檢測系統和Enliven?變異位點注釋系統。通過對變異位點信息的準確抓取和注釋,出具可靠的醫學檢測報告。除了國際基因組數據庫信息,貝瑞和康自建的40萬人中國人基因組數據庫是其中重要支撐。

貝瑞和康CIO于福利教授介紹稱,上述階段性成果只是40萬人大數據的項目做出來的。未來公司會做新的迭代,做到100萬人、200萬人,跟科研人員、醫生、產業界一起搞合作,公司的技術可以支撐這項研究達到更高的目標。

此次,于福利教授展示了Verita Trekker和Enliven在遺傳性乳腺癌基因數據分析及解讀方面的階段性成果。采用Enliven變異位點注釋系統對美國國家衛生研究院的相關項目中的BRCA1、BRCA2基因的2152個位點進行注釋,將注釋結果與以往報告結果對比,PPV(陽性預測值)達到99.3%,充分驗證了Enliven注釋和解讀能力的準確性。在此基礎上,貝瑞和康將自建的中國人基因組數據庫與萬例婦科腫瘤患者的基因數據進行整合,建設成為全球最大的婦科腫瘤基因組數據庫。

“我們依據國際注釋和解讀的標準來建設貝瑞和康的大數據體系,并且數據庫建設和發掘工作已經邁出重要一步。大家已經能夠看到整個體系如何分析數據、如何解讀數據、如何為臨床服務,這是貝瑞和康大數據體系落地的重要一環。”于福利教授表示,“未來我們的計劃是實現智能化的結果判讀。可以想象,一份樣本的下機數據通過計算工具的智能化分析,直接生成可靠的報告,這都有賴于我們現在正在構建的大數據庫平臺和應用系統”。

 

提升腫瘤基因檢測效率

貝瑞和康建成的全球最大的婦科腫瘤基因組數據庫有著怎樣的意義呢?

1990年,研究者發現了一種直接與遺傳乳腺癌有關的基因,命名為乳腺癌1號基因,即BRCA1。這個基因有抑制腫瘤形成的作用,當這個基因發生突變后,突變基因攜帶者患乳腺癌的可能性大大增加。

好萊塢知名女星安吉麗娜·朱莉于2013年5月14日對外公布,通過乳腺癌易感基因檢測發現,她從母親那遺傳了突變的癌癥易感基因BRCA1,患乳腺癌的幾率高達87%。為預防乳腺癌,她進行了預防性雙側乳腺切除手術,術后她患乳腺癌的概率將從87%降到5%。

安吉麗娜·朱莉通過基因檢測提前預知乳腺癌和卵巢癌,并切除雙側乳腺和卵巢,一時間讓全世界都知道了“BRCA基因檢測”這個名詞。BRCA基因檢測成為白領女性保衛乳房的最佳武器。

據了解,美國、歐洲已經建立了乳腺癌突變基因數據庫,可以分析和預測基因突變女性患兩種癌癥的幾率。“50歲患乳腺癌的幾率有多少,70歲患乳腺癌的幾率又有多少,都可以預測。”

安吉麗娜·朱莉給中國腫瘤基因檢測市場也帶來了明星效應,去年曾有媒體報道二胎媽媽赴美國做乳腺癌基因檢測,結果證實自己患有乳腺癌。

不過去美國做檢測,光檢測費用就要3000~5000美元,即使能負擔得起這筆費用,還存在一個問題:乳腺癌相關基因的突變頻率和位點分布,中國人群異于歐美人群,即使費用不是問題,檢測結果是否準確也存在疑問。

另一個值得注意的現象是,近年來亞洲的乳腺癌發病率在迅速上升,并有年輕化的趨勢。我國乳腺癌的發病率近年不斷增高。相比于歐美國家,中國乳腺癌患者的患癌年齡普遍提前10年左右,并且更多比例的患者發病早于40歲。然而,歐美人群中常見的一些與乳腺癌相關的致病基因如BRCA1/2等在中國人群中的突變頻率卻很低或接近為零。這表明,中國人群可能存在某些特定的乳腺癌遺傳易感因素,亟待研究。

 

審慎對待乳腺切除

歐美與亞洲乳腺癌發病率的高與低是相對的。

“根據過去半年的數據,以及發表過的文章,包括今年做了5931例的BRCA基因檢測,發現中國人的基因突變頻率在某些乳腺癌患者中,比如家族性乳腺癌、三陰性乳腺癌,其突變率還是很高的,但亞裔人群還是不同于歐美人群。亞裔人群BRCA2的突變頻率更高于BRCA1,歐美人群BRCA1的突變頻率高過BRCA2。另外一個方面,突變位點,包括重復突變,也不同于歐美人群。”解云濤表示。

解云濤教授認為,安吉麗娜朱莉是個美國人,美國的試驗數據是否能用到中國人群,需要采取慎重的態度,而是否做基因檢測以及預防性乳腺切除,也需要視情況而定。

而對于中國健康女性攜帶BRCA1、BRCA2突變基因,是否需要行預防性乳房切除,解云濤認為還是比較要謹慎而為。首先患者有知情同意權,必須要告知患者獲益或潛在的風險等其他問題,其中還包括社會問題,比如對于切除乳房,進行乳房重建,中國女性的接受程度和認可度,同時還需要考慮家族史。

遺憾的是,歐美數據庫收入的主要是歐美種人,亞洲人種收入數量樣本較小。浙醫二院腫瘤科副主任陳益定教授曾表示,據不完全統計,美國檢測機構使用的乳腺癌突變基因庫中,來自亞裔的樣本不超過6萬多例,不夠準確。

相比于6萬亞裔人的基因庫,貝瑞和康自建的40萬人中國人基因組數據庫顯然龐大許多。此外,貝瑞和康與解云濤教授合作的“中國人遺傳性乳腺癌基因突變圖譜項目”,以及中國40萬人基因組大數據項目在臨床應用層面上所取得的階段性成果,都表明中國人的癌癥突變基因與歐美之間有顯著差異,這一成果也為中國基因檢測在國內臨床檢測領域提供了可靠的數據支撐。