lncRNA-Seq長鏈非編碼RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)是一類長度超過200nt的長鏈非編碼RNA(不含rRNA),廣泛存在于各種生物體內,在表觀遺傳、轉錄和轉錄后等多種水平上進行關鍵性調控。lncRNA測序通過高通量測序技術結合生物信息學方法在整體水平上揭示樣品中lncRNA及mRNA的全面信息。在鑒定已知lncRNA的同時,可全面挖掘與疾病相關的新型lncRNA,并對其在早期發生發展的調節作用進行結構特征和功能分析。并與特定生物學現象聯系起來,可研究正常細胞或組織與病理樣品中非編碼RNA的差別和調控作用,揭示與之相關的遺傳特性或疾病機理。

小標題-產品優勢-中
一次性獲得樣本中幾乎全部lncRNA信;
驗證已知lncRNA,預測novel lncRNA;
去rRNA建庫方法,關聯分析lncRNA與mRNA。

小標題-信息分析-中

lncRNA分析 lncRNA與mRNA聯合分析 mRNA分析
已知lncRNA對比分析 長度、ORF、exon比較 SNP、可變剪接分析
新預測lncRNA篩選 序列保守性分析 新基因分析
lncRNA表達定量分析 位點保守性分析 基因表達定量分析
lncRNA差異表達分析 共表達網絡分析 差異表達基因篩選
lncRNA靶基因預測分析 差異lncRNA-mRNA調控網絡分析 差異表達基因功能分析

小標題-樣品要求-中

圖標-NGS紫-樣品-小
Total RNA
總量≥3μg
濃度≥100 ng/μl
RIN值≥7.0

圖標-NGS紫-文庫-小
文庫
插入片段280bp

圖標-NGS紫-測序-小
PE150
12~24Gb

小標題-案例分析-中
RNA測序在肝內膽管癌組織中長鏈非編碼RNA和mRNA共表達譜的全基因組分析

在基因組中廣泛轉錄的長的非編碼RNA(lncRNA)正在分子生物學中成為癌癥的關鍵調節劑。研究人員收集7對肝內膽管癌(iCCA)和相鄰正常組織進行RNA測序,研究lncRNA和mRNA的表達差異。在ICCA組織中,相對于正常組織有230個lncRNA差異表達提高了4倍,其中97個上調,133個下調。此外,169個lncRNA和597個mRNA形成了由766個網絡節點和769個連接邊緣組成的lncRNA-mRNA共表達網絡。生物信息學分析發現這些失調的lncRNAs與膽固醇穩態、不溶性分子和脂質結合活性有關,并且在補體和凝血級聯以及PPAR信號通路中富集。

2-5-4 lncRNA-Seq-案例分析-附圖2

預測ICCA中的lncRNA和mRNA共表達網絡

Yang W, Li Y, Song X, et al., Genome-wide analysis of long noncoding RNA and mRNA co-expression profile in intrahepatic cholangiocarcinoma tissue by RNA sequencing.Oncotarget, 2017,8(16):26591-26599.