真核有參轉錄組測序轉錄組測序也稱為RNA-Seq,能夠全面快速地獲得某一物種特定組織或細胞在某一狀態下轉錄出來的轉錄本序列,并與參考基因組比對,獲得基因覆蓋度和測序飽和度等,分析基因表達水平、差異表達基因、可變剪切、基因融合、基因結構優化、SNP、SSR和預測新轉錄本等。針對人、小鼠等模式生物,還可進行蛋白互作網絡分析,深入研究基因功能,指導網絡調控機制的進一步研究。

小標題-產品優勢-中
無需預先針對已知序列設計探針,即可對任意物種的整體轉錄活動進行檢測;
可提供更精確的數字化信號,更高的檢測通量以及更廣泛的檢測范圍;
可對低起始量或完整度低的樣品進行文庫構建;
個性化的生物信息解讀和分析。

小標題-技術路線-中
2-5-1 真核有參轉錄組測序-信息分析-附圖1?真核有參轉錄組測序信息分析流程圖

小標題-樣品要求-中

圖標-NGS紫-樣品-小
RNA
總量≥2μg
濃度≥100 ng/μl
RIN值≥7.0

圖標-NGS紫-文庫-小
文庫
插入片段280bp

圖標-NGS紫-測序-小
PE150
測序數據量≥6 Gb/樣本

小標題-案例分析-中
二代轉錄組測序助力擬南芥藍光受體蛋白——隱花色素2的光激發與光鈍化機制的研究

隱花色素(Cryptochrome)是一類在生命進化過程中極為保守的藍光受體蛋白,控制植物的光合作用與生長發育。植物隱花色素蛋白(CRY) 通過其稱之為黃素(Flavin)的吸光基團吸收光子以激發原初光反應。激發態隱花色素蛋白通過與其信號蛋白 (CIB1、SPA1、COP1等)的相互作用而調控下游功能基因表達。在本研究中,作者通過RNA-Seq證明了植物隱花色素的光誘導蛋白質二聚化反應為其原初光反應的關鍵步驟,同時發現了隱花色素的二聚化反應受到兩個隱花色素抑制因子(BIC)的調控以決定植物光受體的活性與信號強弱, 進而調控光合作用、光形態建成、以及開花時間等植物生長發育進程。

2-5-1 真核有參轉錄組測序-案例分析-附圖-小

CRY和BIC受藍光調控的轉錄組變化圖譜

Qin Wang, Zecheng Zuo, Chentao Lin, et al., Photoactivation and inactivation of Arabidopsis cryptochrome 2. PLANT PHOTOBIOLOGY.(2016),VOL 354 ISSUE 6310.