真核無參轉錄組測序無參考基因組的真核生物轉錄組測序,是獲得真核生物特定組織或細胞在某一狀態下轉錄出來的RNA的原始測序數據,質控后進行組裝獲得unigene,并以此為參考序列進行后續的功能注釋、SNP、SSR標記開發等分析,以及多個樣本的差異基因表達分析和差異基因功能富集分析等,發現新的功能基因,為進一步研究提供技術支撐。

小標題-產品優勢-中
可檢測未知基因,發現新的轉錄本;
國際認可軟件組裝和注釋,全方位分析基因表達水平和結構信息;
無需了解物種的基因或基因組信息,便可直接對任意物種進行全面的轉錄組分析。

小標題-技術路線-中
2-5-1 真核無參轉錄組測序-信息分析-附圖1
真核無參基因組測序信息分析流程

小標題-樣品要求-中

圖標-NGS紫-樣品-小
RNA
總量≥2μg
濃度≥100 ng/μl
RIN值≥7.0

圖標-NGS紫-文庫-小
文庫
280bp插入片段

圖標-NGS紫-測序-小
PE150
測序數據量≥15 Gb/樣本

小標題-案例分析-中
二代轉錄組數據用于研究感染呼腸孤病毒的草魚的免疫機制

草魚(Ctenopharyngodon idella)是中國經濟上重要的淡水魚之一。然而,草魚呼腸孤病毒(GCRV)引起的出血性疾病導致了草魚養殖過程中的巨大損失。轉錄組分析可以全面了解草魚呼腸孤病毒抗性的具體生物學過程和疾病的分子機制。
研究人員利用草魚呼腸孤病毒(GCRV)對草魚進行感染,對病毒感染前后頭、腎、脾臟組織進行轉錄組測序。將四個文庫(SS1, SR2, KS3,和KR4)組裝的轉錄組進行mapping。用Trinity軟件進行預測,有54,609個unisequences (53.6%)為蛋白編碼基因,進一步對轉錄組reads進行GO分類和注釋。對免疫相關的基因進行表達分析來研究GCRV感染草魚后草魚的免疫反應,共篩選出128個與免疫相關的基因。結果表明,先天免疫相關基因在脾臟中平均水平較高,說明脾臟中的免疫反應比腎臟中更強烈。同時,分析表明有11811個unigenes (21.4%)有多個轉錄本,最少2個最多89個,這可能因為發生了選擇性剪接造成的。

2-5-1 真核無參轉錄組測序-案例分析-附圖

a:含多個轉錄本的unigenes所占的比例;

b: GCRV感染各個樣品后表達變化轉錄本的維恩圖

Quanyuan Wan,?Jianguo Su. Transcriptome analysis provides insights into the regulatory function of alternative splicing in antiviral immunity in grass carp (Ctenopharyngodon idella). SCIENTIFIC REPORTS. 5, 12946; doi: 10.1038/srep12946 (2015).