全轉錄組測序全轉錄組是指特定組織或細胞在特定狀態下轉錄出的所有轉錄本的總和,包括mRNA和所有的non-coding RNA。全轉錄組測序應用RNA-Seq技術,通過構建兩種文庫(small RNA文庫和去rRNA的鏈特異性文庫),對四種RNA(miRNA,lncRNA,mRNA,circRNA)的表達及調控關系進行分析。

小標題-產品優勢-中
同時分析miRNA,lncRNA,mRNA,circRNA四種RNA的表達及調控關系;
驗證已知lncRNA,預測novel lncRNA;
鑒定已知circRNA的同時,預測新的circRNA及其靶標。

小標題-技術路線-中
2-5-2 全轉錄組測序(二代)-信息分析-附圖1

小標題-樣品要求-中

圖標-NGS紫-樣品-小
Total RNA
總量≥12μg
濃度≥200 ng/μl
RIN值≥7.0

圖標-NGS紫-文庫-小
文庫:
小RNA文庫
去rRNA的鏈特異性文庫

圖標-NGS紫-測序-小
SE50/PE150
測序深度≥6Gb/樣本

小標題-案例分析-中
RNA-Seq與small RNA-Seq全轉錄組分析發現與癌癥相關的miRNA-mRNA相互作用的標記

為了鑒定可能在基本癌癥途徑中保守的miRNA-mRNA相互作用的標記,研究人員進行了轉錄組數據的綜合分析,共分析了來自國際癌癥和腫瘤基因圖譜計劃(The Cancer Genome Atlas,TCGA)的18605個原始轉錄組樣品,覆蓋了15種常見人類腫瘤。在確認已知與癌癥相關miRNA靶標的同時,更從miRNA家族中鑒定出新的潛在靶點,并且分析了這些基因在生存預后方面的表型結果,將為癌癥治療提供新的方法。

2-5-2 全轉錄組測序(二代)-案例分析-附圖1-小

在每種腫瘤類型中差異表達的基因和miRNA的數量(過表達和抑制)

2-5-2 全轉錄組測序(二代)-案例分析-附圖2-小

各種腫瘤類型差異表達基因的通路富集分析

藍色:正向富集,紅色:負向富集(與預期相比更多或更少的改變)

E Andrésleón, I Cases, S Alonso,et al., Novel miRNA-mRNA interactions conserved in essential cancer pathways. Scientific Reports, 2017,7:46101