染色質免疫共沉淀測序(ChIP-Seq)染色質免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation, ChIP)是研究蛋白質與DNA相互作用的經典實驗方法,廣泛應用于組蛋白特異性修飾位點、轉錄因子結合位點等研究。整合了染色質免疫共沉淀與高通量測序技術的ChIP-Seq,是采用特異抗體對目的蛋白進行免疫沉淀,分離與目的蛋白結合的基因組DNA片段,對其進行純化和文庫構建,再通過高通量測序的方法,在全基因組范圍內尋找目的蛋白的DNA結合位點,從而獲得全基因組范圍內與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA片段信息,廣泛應用于表觀遺傳、轉錄調控、腫瘤研究領域。

小標題-產品優勢-中
全基因組覆蓋:與ChIP-chip相比,ChIP-Seq可在全基因組范圍對蛋白結合位點進行篩選與鑒定;
高靈敏度:每個樣本可獲得數百萬條的序列標簽,可發現研究基因組上稀有的蛋白結合位點;
高精確率:可獲得高水平的信噪比數據,有效區分真實事件與噪音,正確定位蛋白結合位點;
高性價比:僅需較少的數據量即可鑒定全基因組范圍內的結合位點。

小標題-信息分析-中

原始數據的過濾及質控 測序數據過濾,去除接頭、污染序列和低質量reads
Clean reads數據量、測序質量統計
與參考基因組比對分析 統計與參考基因組的比對信息
基本分析 Reads在基因及其上下游2Kb區域的深度分布統計分析
全基因組Peak檢測 Peak相關信息的統計(峰數目、峰寬度、平均峰寬、峰深度、峰平均深度、峰寬度占基因組比例)
Peak區域reads覆蓋度及深度分析
Peak注釋分析 Peak區域的基因篩選與功能注釋
Peak在基因功能區域的分布情況統計(Exon、Intron、Intergenic、Up2Kb、Down2Kb區域)
Peak峰圖的IGV可視化展示
Peaks中Motif特征識別分析
多樣本間Peak差異分析
差異Peak相關基因的注釋
高級分析 ChIP-Seq與RNA-seq關聯分析
不同表達水平的基因在TSS附近區域的reads富集程度

小標題-樣品要求-中

圖標-NGS紫-樣品-小
ChIP-DNA
常規建庫:總量≥30ng,濃度≥2ng/μl
超低量建庫:總量≥2ng,濃度≥0.5ng/μl
大片段建庫:總量≥10ng,濃度≥0.5ng/μl

圖標-NGS紫-文庫-小
200-500bp文庫

圖標-NGS紫-測序-小
PE150測序
測序深度≥30X

小標題-案例分析-中
染色質免疫共沉淀測序(ChIP-Seq)對人類胚胎腦、心和肝的表觀學遺傳學的研究

為了更好地理解早起人類胚胎發育過程中的調控機制,有必要分析這些重要的表觀遺傳標記在不同的人類胚胎組織基因組中的分布。研究人員從三個有代表性的器官中分離三個胚層組織(腦、心、肝),從人類胚胎懷孕12周開始,利用ChIP-Seq方法系統低分析了表觀遺傳標記H3K27ac,H3K4me1,H3K4me3,H3K27me3,結果確定了40181個活性增強因子,其中很大一部分表現出組織特異性和發育階段特異性模式。利用連續的染色質免疫共沉淀測序(ChIP-Seq),發現這三個器官有成千上百個二價域都被H3K4me3和H3K27me3標記修飾,在這些器官發育過程中,可能使祖細胞在之后的發育過程中可以直接分化成不同的細胞類型。研究結果說明組織和發育階段特異性表觀基因組在調節人胚胎發育早期發育基因的時空表達中的具有潛在關鍵作用。

2-6-2 ChIP-Seq-案例分析-附圖

人胎兒和成人組織中K27ac + K4me1陽性區域(潛在活性增強子)的動態變化

Yan L, Guo H, et al., Epigenomic landscape of human fetal brain, heart and liver.?J Biol Chem. 2015. pii: jbc. M115.672931.