?全基因組de novo測序，又稱基因組從頭測序，指不依賴參考基因組，對某物種進行全基因組測序和拼接組裝，從而獲得該物種的全基因組序列圖譜，并為后續的基礎生物學、分子育種、遺傳基因改良等方面的研究奠定基礎。
高達N50組裝指標；
少至contig數量；
極大提高復雜基因組的組裝質量；
可以獲得高精度的基因組圖譜。
| 基本信息分析 | 基因組Survey | 1.K-mer分析；
2.GC-Depth分析； 3.估算基因組大小； 4.基因組雜合度和重復序列比例評估 |
| 基因組拼接組裝 | 1.測序深度分析；
2.基因組GC含量分析； 3.染色體區域覆蓋度評估； |
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| 基因組注釋及功能分析 | 1.基因預測；
2.基因功能注釋； 3.ncRNA注釋； 4.重復序列分析； 5.GO分類； 6.KEGG通路分析 |
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| 高級信息分析 | 比較基因組及進化分析 | 1.基因家族分析；
2.基因家族收縮/擴張分析； 4.物種系統進化樹構建； 5.正向選擇基因分析； 6.物種分化時間計算； 7.直系同源基因鑒定； 8.基因組共線性分析； 9.全基因組復制分析 |
| 個性化信息分析 | 多組學整合分析 | 1.全長轉錄組整合分析；
2.其他組學整合分析：甲基化、小RNA、群體GWAS、群體進化等 |
gDNA
450bp文庫:總量≥2μg,濃度≥20 ng/μl
2、5kb文庫:總量≥5μg,濃度≥30 ng/μl
20kb文庫:總量≥30μg,濃度≥100 ng/μl
簡單基因組：
450bp文庫
2、5Kb文庫
復雜基因組：
450bp文庫
2、5、8Kb
簡單基因組：
PE250：450bp文庫 ≥50X
PE150：2、5Kb文庫 ≥10X
復雜基因組：
PE250：450bp文庫 ≥50X
PE150：2、5、8Kb文庫 ≥30X
Illumina二代測序平臺完成鯉魚全基因組de novo測序
本研究選取家養Songpu鯉魚的純合二倍體基因組DNA，經過Roch454，Illumina，SOLiD全基因組測序，拼接和組裝并繪制了一個馴養鯉魚（Songpu家系）的基因組草圖。研究結果推測最近的全基因組復制發生于大約820萬年前。對來自世界各地33種鯉魚品種進行基因組重測序證實了鯉魚的兩個亞種鯉（C.carpio Haematopterus）和西鯉（C.carpio carpio）單一的起源。結合高分辨率的遺傳圖譜，該基因組草圖為鯉魚基因組輔助育種研究、優良品種快速培育提供了重要基礎。
鯉魚50條染色體基因組草圖
Xu P, Zhang X, et al., Genome sequence and genetic diversity of the common carp, Cyprinus carpio. Nat Genet. (2014), 46(11):1212-9.
