De novo組裝又犯難?貝瑞基因PacBio 60Kb文庫帶您暢享新指標

隨著PacBio公司對Sequel系統及其試劑耗材升級的發布,小貝相信各位看官都已看到新試劑在讀長、產出等方面的優異表現。但是,貝瑞基因并沒有滿足于現狀,在文庫優化的道路上繼續探索,希望更長片段的文庫與更長的讀長相得益彰,有效助力基因組研究。

 

60Kb-Normal文庫,新標準,原成本

在進行de novo組裝項目時,通常構建20Kb的大片段文庫,以保證后續用來進行組裝的reads的長度。但是,20Kb文庫數據對于支持高指標的組裝結果還是顯得非常吃力。為此,貝瑞基因對de novo組裝項目的20Kb文庫進行免費升級,文庫大小由20Kb升級至60Kbsubreads N50承諾也升級至20?Kb如此給力的升級,價格竟然絲毫未變,小貝也不禁為之贊嘆了!

下面,小貝還準備了一批實測數據,以展示升級后的建庫模式和PacBio新試劑完美結合的表現。文庫A和文庫B均是60Kb-Normal文庫,然后在PacBio Sequel平臺測序,進行數據質控后結果顯示,數據產出提升到了12Gb左右,同時Subreads N50均已達到25Kb左右。這樣的表現,可以說非常給力了。

 

表1 60Kb-Normal文庫數據表現

 

60Kb-Gold文庫,升級版,更震撼

如果貝瑞基因當前的升級版60Kb-Normal文庫依然無法滿足需求,您仍然不用焦慮,因為貝瑞基因還研發了更具震撼力的60Kb-Gold文庫。60Kb-Gold文庫測序時,我們會構建一個更優質的60Kb文庫,更優質的文庫自然會有更高的承諾,所以此時,我們的Subreads N50承諾至30Kb,相對于60Kb-Normal文庫Subreads N50承諾的20Kb也是非常顯著的提升。

下面,小貝仍然是用一批實測數據來展示60Kb-Gold文庫的優異表現。文庫C/D/E/F分別構建了60Kb-Gold文庫,在PacBio Sequel平臺測序并質控后結果顯示,Subreads N50均已超過30Kb,而數據量依然在穩定、高產的狀態。看到這樣的表現,小貝對于高雜合、高重復序列的組裝又重燃希望了。

?表2?60Kb-Gold文庫數據表現

 

樣本量,低起始,無需愁

對于構建60Kb的大片段文庫,小貝心里首先還是想到樣本總量要求是不是特別高?常規樣本是不是很難符合條件?跟研發人員溝通后才發現,小貝的擔心完全是多余的。

  1. 對于60Kb-Normal文庫,DNA總量標準仍為7ug,DNA主帶大小要求60Kb以上;
  2. 對于60Kb-Gold文庫,DNA總量標準僅僅上調至10ug,DNA主帶大小要求60Kb以上。

貝瑞基因最新研發的60Kb-Gold、60Kb-Normal文庫,與PacBio Sequel新版試劑相得益彰,為更多高雜合、高重復序列組裝提供了有效解決方案!詳情請咨詢貝瑞基因當地銷售,或致電010-84409702。