BioNano Saphyr針對大物種的組裝技能真有傳說中的那么好?

BioNano Saphyr,一個集讀長長、通量高、成本低、周期短于一身的平臺,受到了眾多基因組學研究人員的青睞,而貝瑞基因的BioNano Saphyr平臺也因此受寵,積累了豐富的項目經驗。今天,小編帶大家一睹BioNano Saphyr的真實工作狀態。

 

說到一個平臺的工作狀態,它的數據產出定能反映出很多信息。由于空間有限,小編在這里只能給大家展示幾個典型的項目數據產出。

 

下表為貝瑞基因每個Chip的數據產出情況:其中某動物、某植物(基因組均>1Gb)分別為493.0675 Gb/chip、437.571 Gb/chip,而人的數據產出達到了717.6243 Gb/chip,都遠遠超出了官方標準。同時,酶切標記密度分別為12.39、13.71、11.99,也都達到了官方的參考標準(8~15 /100Kb)。由此得出結論,BioNano Saphyr對于不同物種的數據表現都棒棒噠,并且人的數據表現尤其突出。

貝瑞基因BioNano Saphyr平臺實際項目數據產出

20170925-BioNano Saphyr針對大物種的組裝技能真有傳說中的那么好-附圖1

注:Avg. Label Density (per 100 Kb): DNA分子每100Kb 的平均label酶切標記密度(參考值:8~15 Labels /100Kb);不同物種組織的產出存在樣品依賴性。

 

再來一張圖看看數據產出是否穩定:該圖展示的是每次拍照成像所收集到的數據量,可以看出,BioNano Saphyr在平臺穩定性方面也是不負眾望的。

20170925-BioNano Saphyr針對大物種的組裝技能真有傳說中的那么好-附圖2

 

對于BioNano技術的應用,目前比較廣泛的就是輔助基因組組裝了。在組裝過程中和PacBio技術結合,不僅可以提升組裝指標,同時基于BioNano光學圖譜的高準確率,可以對PacBio的錯誤拼接進行矯正,真是匠心滿滿的組裝技能!

BioNano技術輔助組裝

20170925-BioNano Saphyr針對大物種的組裝技能真有傳說中的那么好-附圖3

BioNano技術矯正PacBio錯誤拼接

20170925-BioNano Saphyr針對大物種的組裝技能真有傳說中的那么好-附圖4

 

如下是小編整理的幾個典型項目加入BioNano數據前后的組裝效果對比。從表中數據可以看出,加入BioNano數據后,Contig N50、Scaffold N50的組裝指標都得到了提升,尤其是Scaffold N50組裝指標提升效果尤其顯著,最高可提升12倍。所以小編可以很自信的說,BioNano光學圖譜是一種非常有效且成本適中的組裝技術。

20170925-BioNano Saphyr針對大物種的組裝技能真有傳說中的那么好-附圖5

從數據產出、組裝效果一路看來,BioNano Saphyr的組裝技能果然如傳說所言,成本低、耗時少、成效高,是眾多組裝技術中的一股清流!

 

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